D

选项A错误：部门支出预算编制采用【零基预算法】；选项B错误：部门预算采取【自下而上】的编制方式,编制程序实行“两上两下”的基本流程；选项C错误：部门预算【既包括基本支出预算，也包括项目支出预算】；选项D正确：部门收入预算编制采用标准收入预算法。