B

本题考查资源税应纳税额的计算。
选项B当选，纳税人以外购应税产品与自采应税产品混合销售或者混合加工为应税产品销售的，在计算应税产品销售额或者销售数量时，准予扣减外购应税产品的购进金额或者数量。
本题中，准予扣减的外购应税产品购进金额=外购原矿购进金额×（本地区原矿适用税率÷本地区选矿适用税率）=300×（3%÷2%）=450（万元）。
该企业铁矿石选矿业务应缴纳资源税=（600-450）×2%=3（万元）
选项A不当选，误直接以自采原矿100万元作为计税依据。
选项C不当选，误直接扣减外购金额。
选项D不当选，没有扣减外购金额。