C

本题考查关税应纳税额的计算。选项C当选，具体计算过程如下：购货佣金不计入关税的完税价格，与进口货物有关的特许权使用费要计入关税的完税价格。关税的完税价格包括货价、运费和保险费，运费无法确定的，海关应当按照该货物进口同期的正常运输成本审查确定。保险费无法确定的，按照“货价”和“运费”两者总额的3‰计算保险费。故该公司进口设备应缴纳的关税=（200-5+20）×（1+3‰）×20%=43.13（万元）。选项A不当选，特许权使用费没有计入关税的完税价格。选项B不当选，没有计算保险费。选项D不当选，误将购货佣金也计入完税价格。