D

A选项错误。《河南省安全生产条例》属于河南省的地方性法规，而《北京市生产经营单位安全生产主体责任规定》属于北京市的地方政府规章，不属于同一管辖范畴。
B选项错误。《北京市生产经营单位安全生产主体责任规定》属于地方政府规章，《生产安全事故应急预案管理办法》属于部门规章，在同一位阶的法之间，特别规定优于一般规定。
C选项错误。《河南省安全生产条例》的法律地位“低于”《危险化学品安全管理条例》。
D选项正确。《危险化学品安全管理条例》属于国务院制定的行政法规，《生产安全事故应急预案管理办法》属于应急管理部制定的部门规章，行政法规的法律效力层级高于部门规章。