筛选时的分离原理是根据药物与杂质的体积不同（答案C）。筛选工具如筛子有不同大小的筛孔，药物和杂质由于体积大小不同，体积小于筛孔的药物或杂质会通过筛孔，而体积大于筛孔的则留在筛子上，从而实现分离。不是根据密度（选项A）、浮力（选项B）、磁性（选项D）、温度（选项E）来分离。