tRNA分子中含有多种稀有碱基，如假尿嘧啶（ψ）、二氢尿嘧啶（DHU）等。这些稀有碱基在tRNA的结构和功能中发挥重要作用，如参与tRNA的折叠、稳定tRNA结构以及与氨基酸的特异性结合等。核DNA和线粒体DNA主要由A、T、G、C四种碱基组成；mRNA主要携带遗传信息指导蛋白质合成，其碱基组成与DNA类似；rRNA是核糖体的组成成分，稀有碱基含量相对较少。