药物发酵的相对湿度应控制在70%-80%。这是因为在这个湿度范围内，微生物能够较好地生长繁殖。湿度太高，容易导致药物发霉变质，而且微生物生长可能过于旺盛，不利于发酵过程的控制；湿度太低，微生物的生长会受到抑制，不能有效地进行发酵。例如六神曲等发酵药物，在适宜的湿度条件下，其原料中的面粉、苦杏仁等成分在微生物的作用下发生一系列变化，产生新的成分，从而达到发酵的目的。