覆盖义齿的缺点有：
①覆盖基牙易龋坏：因此，要重视覆盖基牙的防龋处理和口腔卫生。
②覆盖基牙易患牙龈炎：主要由于覆盖义齿基托压迫，或基牙根面修复体边缘刺激及口腔卫生不良等因素引起，若不及时处理，可导致牙周炎，要预防牙龈炎及牙周炎。
③义齿制作困难：因覆盖基牙或牙根的存在，牙槽嵴比较丰满，颌间距较小，基牙唇颊侧常有较明显骨突，影响人工牙的排列、基托的外形和义齿的美观，甚至破坏义齿的边缘封闭，易存储食物残渣。因此要义齿护理。
因为以上缺点的存在，因此覆盖义齿的患者应该定期复查。