肝素诱导的血小板减少症患者使用肝素会导致危及生命的血小板减少。低分子量肝素有肝素的类似效应，同样应避免使用。在血小板减少的患者使用华法林可能带来多中心的皮肤坏死。替罗非班是血小板糖蛋白受体抑制剂。只有重组水蛭素可安全用于肝素诱导的血小板减少症患者预防深静脉血栓。