静脉全身麻醉最大的缺点是可控性差。药物静脉注射后其麻醉效应的消除依赖于病人的肝肾功能及内环境状态，如果由于药物相对或绝对过量，则术后苏醒延迟等麻醉并发症难以避免。其次，复合给药，药物之间的相互作用可能引起药动学和药效学变化，进一步影响麻醉的可控性。再次，长时间重复给药或连续给药，会导致输注敏感半衰期发生变化，也影响麻醉的可控性。