细菌性食物中毒多以急性胃肠炎症状为主，以腹痛、腹泻、恶心、呕吐为主要症状，腹泻粪便多为稀便或粘液便。但嗜盐杆菌食物中毒者，除可出现黄水样或洗肉水样外，尚可排出类似菌痢的脓血粘液便；肠热菌属食物中毒患者，可排出黄色粥样便、黑色粘液便或绿色粘液便。
葡萄球菌食物中毒，其呕吐及腹痛较肠热菌属食物中毒更为剧烈；而肉毒杆菌食物中毒几乎无一般食物中毒的呕吐、腹泻等症状，主要以中枢神经系统症状为主，发病初期症见乏力、头晕、头痛，继而出现复视、眼睑下垂、瞳孔散大、对光反射消失及眼内外肌瘫痪，并常有咀嚼、吞咽、言语及呼吸困难等颅神经麻痹症状，肢体瘫痪者则比较少见。葡萄球菌及肉毒杆菌所引起的食物中毒，体温一般略高或正常。某些菌可引起发热，如肠热菌属中的猪霍乱及阿伯丁肠热菌所引起的食物中毒，可使病人体温高达40℃以上，嗜盐杆菌所引起的食物中毒，可达38℃～39℃ .