2003年10月，原国家食品药品监督管理局正式开始履行保健食品的注册审批职能。2005年7月，正式颁布《保健食品注册管理办法》及其相关配套文件。2008年9月，原卫生部将承担的保健食品监管职能移交原国家食品药品监督管理局。2009年6月1日《中华人民共和国食品安全法》及其实施条例规定，食品药品监管部门负责对保健食品实施严格监管。