卵巢激素影响偏头痛的机制仍然被认为是确定的，但是偏头痛发作前血清雌激素浓度的突然下降似乎是关键的因素。有时在月经周期前和周期中使用经皮的雌激素凝胶可以减少头痛的频率。但是，在其他的一些病例中，使用低剂量的口服雌激素避孕药与周期中偶发的头痛相关，这可能与雌激素水平的波动有关。因此，需谨慎制订治疗方案，目标为既要防止雌激素水平的下降又要稳定其波动。