在过去，对残肢性神经瘤的手术和更广泛的手术切除残肢均被用于治疗残肢幻肢痛。如今，仅在存在明显的残肢病理改变时才会施行残肢翻修术，而且因为疼痛而对几近痊愈的残肢行近端扩展性切除这是没有任何指征的。除非存在交感神经相关的疼痛.否则应避免行手术。手术可短期内缓解疼痛，但是疼痛通常可再出现。其他有创性的操作例如背根进入区病变的交感神经切除术和脊髓前侧柱切断术已经被证实没有任何治疗作用，而且它们中的绝大部分应被淘汰。