已有许多使用A型肉毒毒素（BTX-A）在疼痛控制中多种问题的研究。多数实验为非盲，关于肌筋膜痛和头痛的实验为混合的。有些差异可能与剂量和注射部位有关。还不清楚的是在对于BTX-A在这两种疾病中的使用是支持还是反对还没有达成明确的共识。关于慢性腰痛的非盲研究比较小型但是似乎可以看到阳性的效果。1999年一篇较小的报告显示了BTX-A在网球肘中是有效的，但是很少再有更深入的研究来证实它。