微生物发酵技术在食品工业中的应用包括：生产微生物酶，培养微生物菌体，获取微生物体内或体外的各种有用酶类物质；生产微生物代谢产品；生产微生物转化产品，利用微生物酶的作用来改变农产品、畜产品及水产品的色、香、味等；生产微生物菌体，培养细菌、酵母菌和真菌，用作粮食、饲料或其他在加工制品。如食用醋的发酵生产、发酵乳制品等。