输血相关性移植物抗宿主病的发病机制是免疫缺陷和免疫受抑的患者不能清除输入血液中的具有免疫活性的淋巴细胞（主要为T淋巴细胞），使其在受者体内植活、增殖，将受者的组织器官识别为靶器官进行免疫攻击、破坏。树突状细胞、单核细胞、NK细胞、B淋巴细胞也属于免疫活性细胞，并参与免疫反应但不是引起输血后相关性移植物抗宿主病的致病因素。