根治舌下腺囊肿的方法是摘除舌下腺，残留部分囊壁不致造成复发，故本题选D。舌下腺囊肿是特指发生于口底的黏液囊肿。组织学上，它可表现为外渗性也可表现为潴留性，但大多数为外渗性。外渗性囊肿通常是机械性外伤致唾液腺导管破裂，黏液外渗进入结缔组织，黏液被炎症肉芽组织和结缔组织包绕或局限，无衬里上皮。潴留性黏液囊肿是唾液腺导管阻塞、唾液潴留致导管扩张而形成囊性病损。故单纯的去除囊肿并不能从根源上断绝舌下腺囊肿的形成，故排除A、B、C、E。