反转录酶有三种功能：依赖于RNA的DNA-pol功能（反转录功能）；RNaseH功能（特异地分解RNA-DNA杂化双链中的RNA链）和依赖于DNA的DNA-pol功能。反转录酶以病毒RNA为模板，宿主tRNA为引物，dNTP为底物，5＇→3＇方向合成与RNA互补的DNA(cDNA)单链，然后利用其RNaseH的活力水解RNA链，再以cDNA单链为模板，dNTP为底物合成双链cDNA(complementaryDNA，cDNA)。DNA双链被整合在宿主细胞染色体DNA中，随宿主细胞DNA的复制。