根据编码分子的特性不同，可将整个HLA复合体的基因分成三类：Ⅰ类、Ⅱ类和Ⅲ类基因。经典HLA-Ⅰ类基因仅编码Ⅰ类分子异二聚体的重链（α链），β2-m链由15号染色体编码。经典HLA-Ⅱ类基因编码HLA-Ⅱ类分子的α链和β链，经典HLA-Ⅲ类基因编码补体成分C2、C4、B因子及TNF、热休克蛋白和21羟化酶。