器官特异性自身免疫病包括慢性甲状腺炎、恶性贫血、重症肌无力、特发性血小板减少性紫癜、毒性弥漫性甲状腺肿（Graves病）、原发性肾上腺皮质萎缩（Addison病）、慢性溃疡性结肠炎、男性自身免疫性睾丸炎、青少年型胰岛素依赖性糖尿病、伴共济失调-毛细血管扩张的胰岛素抵抗型糖尿病、自身免疫性溶血性贫血、干燥综合征等。非器官特异性自身免疫病包括类风湿关节炎和系统红斑狼疮。