清除牙菌斑的方法包括，刷牙：刷牙是清除牙菌斑的基本措施，也是最重要的一种方法，所以C正确。牙线：能有效地清除牙齿邻面的牙菌斑，预防牙周疾病和邻面龋，所以B正确。牙签：在牙龈萎缩，牙与牙之间出现间隙（牙缝）的情况下，就要借助牙签来清除牙齿邻接面的食物、软垢和部分牙菌斑，所以A正确。邻间刷能有效清除牙齿邻接面的牙菌斑，所以E正确。用水漱口只能通过水流去除牙表面的食物残渣和软垢而不能去除在牙齿表面附着紧密的牙菌斑，所以D错误，此题选D。