微生态制剂是含有肠道正常菌群的活菌制剂，主要用来补充肠道益生菌。急性感染性腹泻早期禁用微生态制剂，否则将导致抗菌药物药效降低；在应用抗感染药物后期可辅助给予，因病变后期致病菌基本消除，抗生素造成肠道正常菌群失调，应补充微生态制剂以帮助恢复菌群平衡。肠道菌群失调性腹泻首选微生态制剂。化学刺激性腹泻可导致肠道正常菌群部分被杀死，可服用微生态制剂进行调整。胰腺功能不全所致腹泻主要与消化酶缺乏有关，与肠道正常菌群失调无关。