肺结核可酷似任何肺病，容易误诊，特别是当其临床或X线表现不典型，实验室资料似乎提示某一疾病，而医师又未作全面分析时，可错诊错治而造成不良后果。下列疾病尤应仔细鉴别。
1．肺癌：中央型肺癌常有痰中带血，肺门附近有阴影，与肺门淋巴结结核相似。周围型肺癌呈球形、分叶状块影，有时与结核球需要鉴别。肺癌多发生在40岁以上男性，常无毒性症状，而有刺激性咳嗽、明显胸痛和进行性消瘦。X线等影像学检查，结核球周围可有卫星病灶、钙化；癌肿病灶边缘常有切迹、毛刺，胸部影像学检查、痰结核菌和脱落细胞检查，以及纤维支气管镜检查和活组织检查有助于鉴别诊断。结素试验在结核病多为阳性，有时也可作参考。血清唾液酸和癌胚抗原测定可以提示癌症，酶联免疫吸附试验诊断结核病等辅助检查有时也有帮助。还要注意肺癌与结核并存的可能。对于经上述检查仍不能排除肺癌者应及早剖胸探查，以免失去手术治疗的机会。
2．肺炎：有轻度咳嗽、低热的支原体肺炎、病毒性肺炎和过敏性肺炎（嗜酸性粒细胞肺浸润症）在x线上有肺部炎症征象，与早期浸润型肺结核相似。对这些一时不能鉴别的病例，不宜急于采取抗结核治疗。支原体肺炎在短时间内（2～3周）可自行消散；过敏性肺炎血中嗜酸性粒细胞增多，且肺内浸润常呈游走性。细菌性肺炎有发热、咳嗽、胸痛和肺内大片炎症、须与干酪性肺炎相鉴别。但细菌性肺炎起病急骤，除高热、寒战外，口唇可有疱疹，咳铁锈色痰，痰中结核菌阴性，而肺炎球菌等病原菌阳性。在有效抗生素治疗下，肺部炎症一般可在3周左右完全消失。
3.肺脓肿：浸润型肺结核伴空洞须与肺脓肿相鉴别。肺结核好发于上叶锁骨上下或下叶背段。但下叶肺结核特别应注意与下叶肺脓肿相鉴别。后者起病较急，发热高，脓痰多，痰中无结核菌，但有多种其他细菌，血白细胞总数及中性粒细胞增多，抗生素治疗有效。慢纤洞型肺结核伴继发感染时易与慢性肺脓肿混淆，后者痰结核菌阴性。
4．慢性支气管炎：老年慢性支气管炎症状酷似慢纤洞型肺结核，但前者X线检查仅见肺纹理加深或正常；后者X线则显示结核病灶，痰结核菌阳性。