治疗肾病综合征首选的治疗药物是糖皮质激素，临床常用泼尼松，可抑制免疫炎症反应，减少醛固酮和抗利尿激素分泌。而治疗肾病综合征的细胞毒药物以环磷酰胺最常用，常与激素合用，可提高缓解率，一般不首选及单独应用。环孢素A适用于激素及细胞毒药物治疗无效的难治性肾病综合征。一般不主张常规使用抗生素预防感染，否则可能诱发真菌双重感染，一旦发生感染应选择无肾毒性的有效抗生素进行治疗，常见的肾毒性药物有氨基糖苷类（如庆大霉素）、磺胺类、两性霉素B等。