口腔念珠菌以局部治疗为主，但严重病例及慢性念珠菌感染常需辅以全身治疗才能奏效。
1.局部药物治疗
(1)2%～4%碳酸氢钠(小苏打)溶液：用于哺乳前后洗涤口腔，以消除能分解产酸的残留凝乳或糖类，使口腔成为碱性环境，可阻止白色念珠菌的生长和繁殖。轻症患儿不用其他药物，病变在2～3天内即可消失，但仍需继续用药数日，以预防复发。也可用本药在哺乳前后洗净乳头，以免交叉感染或重复感染。
(2)甲紫水溶液：口腔黏膜以用1/2 000浓度为宜，每日涂搽3次，以治疗婴幼儿鹅口疮和口角炎。
(3)洗必泰(氯己定)：0.12%溶液或1%凝胶局部涂布，冲洗或含漱，也可与制霉菌素配伍成软膏或霜剂，其中亦可加入适量去炎舒松，以治疗口角炎、牙托性口炎等(可将霜剂涂于基托组织面戴入口中)。以氯己定液与碳酸氢钠液交替漱洗，可消除白色念珠菌的协同致病菌--革兰阴性菌。
(4)西地碘：每日3～4次，每次1片，含化后吞服。
(5)制霉菌素：局部用5万～10万U/ml的水悬液涂布，每2～3小时1次，涂布后可吞服。
(6)咪康唑：局部使用其散剂或霜剂，达到杀灭真菌的作用。
2.全身抗真菌药物治疗
(1)酮康唑：成人剂量为每日1次口服200mg，2～4周一个疗程。有肝病史的患者应慎用，一个疗程不宜超过10天。
(2)伊曲康唑：是一种口服有效的三唑类抗真菌药，其作用强于酮康唑。每日口服100mg。
(3)氟康唑：为新型广谱高效抗真菌剂。成人首剂200mg/d，以后每日1次，每次100mg，疗程为10～14日。
3.增强机体免疫力如注射胸腺肽、转移因子等。
4.手术治疗对于白色念珠菌白斑，治疗中应严格观察白斑的变化，若疗效不明显或患者不能耐受药物治疗，应考虑手术切除。