虽然大便常规及血液学检查可有所不同，但多数病人并无明显差别。B超及CT则只能诊断为脓肿，不能区分细菌性或阿米巴性。脓肿穿刺所见脓液性状对区分两者极有帮助，阿米巴性脓肿大多为棕褐色脓液，无臭味，细菌性脓肿多为黄白色脓液，有时可有臭昧，涂片和培养可发现细菌。