企业进口原材料应交纳的关税应该计入材料的成本当中，选项A正确；企业商务用车交纳的车船税，应该计入税金及附加，选项B错误；小规模纳税人购买商品支付的增值税应该计入商品的成本当中，选项C正确；企业书立加工承揽合同交纳的印花税，应该计入税金及附加，选项D错误。