选项A不符合题意，盈余公积弥补亏损的会计处理：
借：盈余公积
贷：利润分配-盈余公积补亏
选项B不符合题意，盈余公积转增资本的会计处理：
借：盈余公积
贷：实收资本（或股本）
选项C不符合题意，回购股票确认库存股的会计处理：
借：库存股
贷：银行存款
选项D符合题意，股份有限公司溢价发行股票扣除交易费用后的股本溢价的会计处理：
借：银行存款
贷：股本资本公积-股本溢价
故选D