选项A错误，企业开具支票，银行存款日记账余额减少，对方未到银行兑现，会导致企业银行存款日记账余额小于银行对账单余额；选项B错误，银行误将其他公司的存款计入本企业银行存款账户，导致银行对账单余额大于企业银行存款日记账余额；选项C错误，银行代收货款，但企业尚未接到收款通知，未登记银行存款日记账，会导致银行对账单余额大于企业银行存款日记账余额；选项D正确，企业收到购货方转账支票，登记银行存款日记账，但银行尚未入账会导致企业银行存款日记账余额大于银行对账单余额。故选D