肠应激综合征一般的病因是机体应激反应与心理因素相互作用的结果，不同的个体都可能涉及遗传、环境、心理、社会和胃肠感染等因素，导致胃肠动力改变、脑一肠轴相互作用的紊乱、自主神经和激素的变化等，伴有精神障碍（如恐慌、焦虑、创伤后应激紊乱等）、睡眠障碍和心理应对障碍的患者，应激性生活事件常可导致症状的加重，但对心理因素与IBS之间的确切联系还不十分清楚。研究发现有1/3的IBS患者有胃肠道感染史，国内外都强调精神心理因素对IBS发病的影响，大量研究表明，IBS患者焦虑、抑郁积分显著高于正常人，应急事件发生频率亦高于正常人，对应激反应更敏感和强烈。