增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税系统开具的增值税专用发票，必须自该发票开具之日起90天内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额；增值税一般纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运费发票，应当在开票之日起90天内向主管税务机关申报抵扣，超过90天的不予抵扣。在办理运费进项税额抵扣时，应附抵扣发票清单；对于农产品收购的进项税抵扣期限没有明确规定，应参照增值税专业发票的抵扣期限。