非居民企业在中国境内设立机构、场所的，应当就其所设机构、场所取得的来源于中国境内的所得，以及发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得，缴纳企业所得税。该日本企业在中国境内取得的咨询收入500万元属于来源于中国境内的所得，取得日方支付的培训收入200万元属于来源于境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得，而在香港取得的所得80万元属于与该分支机构无实际联系的所得。因此，2009年度该境内机构企业所得税的应税收入总额为700万元。