纳税人应进行土地增值税清算的情形有：房地产开发项目全部竣工、完成销售的；整体转让未竣工决算房地产开发项目的；直接转让土地使用权的。取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的，以及转让的房屋建筑面积占整个项目可售建筑面积比例虽未超过85%但剩余可售建筑面积自用的，税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。选项ACD为应该清算的；选项BE为税务机关可要求其清算的。