以协议方式取得土地使用权的，其契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。该企业应缴纳契税=（3000+100+50）×3%=94.5（万元）。