孕酮在临床上可以应用于同期发情、超数排卵、妊娠诊断、预防孕酮不足性流产。在判断动物繁殖状态方面，由于孕酮水平与黄体功能高度相关，随着黄体形成、维持和消失的变化过程，孕酮的分泌相应地形成一定的规律。因此，通过测定母畜血浆、乳汁或尿液中孕酮的水平，结合直肠检查卵巢上是否有卵泡，可以判断母畜的繁殖机能状态