根据《建筑设计防火规范》（GB50016），表3.3.1二级耐火等级的丙类多层厂房，防火分区最大允许建筑面积为4000m2，设有自动灭火系统，每个防火分区最大允许建筑面积为8000m2，每层可以划分为一个防火分区。（A选项正确）
6.2.3-3建筑内的下列部位应釆用耐火极限不低于2.00h的防火隔墙与其他部位分隔，墙上的门、窗应采用乙级防火门、窗，确有困难时，可采用防火卷帘，但应符合本规范第6.5.3条的规定：甲、乙、丙类厂房（仓库）内布置有不同火灾危险性类别的房间。（B选项正确）
表3.3.2二级耐火等级的丙类多层仓库，设有自动灭火系统时，每个防火分区最大允许建筑面积为2400m2。
（C选项正确）
3.3.6-2厂房内设置中间仓库时，应符合下列规定：甲、乙、丙类中间仓库应釆用防火墙和耐火极限不低于1.50h的不燃性楼板与其他部位分隔。（D选项错误）
3.3.5办公室、休息室设置在丙类厂房內时，应采用耐火极限不低于2.50h的防火隔墙和1.00h的楼板与其他部位分隔，并应至少设置1个独立的安全出口。如隔墙上需开设相互连通的门时，应采用乙级防火门。（E选项错误）