菌痢的肠道病变主要在结肠，以乙状结肠和直肠病变最显著。肠黏膜的基本病变：急性期是弥漫性纤维蛋白渗出性炎症，此病变一般仅限于固有层，故很少引起肠穿孔及大量肠出血；慢性期则有肠黏膜水肿及肠壁增厚，并导致肠腔狭窄。中毒型则结肠局部病变很轻，但全身病变重。