(1)溃疡性结肠炎：也表现为腹痛、腹泻、黏液脓血便。但发病年龄低，多见于20～40岁，病程长、反复发作，内镜下可见多发溃疡。黏膜呈颗粒状，可有假息肉形成，活检病理可证实诊断。
(2)慢性菌痢：大便经常或间歇带有黏液或脓血，但多有急性菌痢病史，长期迁延不愈，可因某种因素如饮食不当、受凉、劳累等引起急性发作。内镜活检可以鉴别。
(3)回盲部结核：常伴有全身其他部位结核和结核中毒症状。