测定乳糖摄入后呼气中H2的含量，可推断结肠中残余的乳糖含量，若H2含量＞20ppm提示乳糖的吸收不良，而肠道通过加快可导致乳糖的吸收不良；细菌过度生长诊断的金标准是从抽吸的肠液中直接计数细菌含量。正常计数在空肠很少超过10^4/ml，在回肠则很少超过10^5/ml。然而直接评价肠道细菌计数需要肠道置管，同时要避免来自口腔和鼻腔的细菌污染，因此乳果糖或其他碳水化合物的酶底物的H2呼吸实验取代了细菌培养，用于诊断小肠细菌过度增殖。