不以使用为目的的恶意商标注册申请，应当予以驳回，A表述正确；商标代理机构除对其代理服务申请商标注册外，不得申请注册其他商标，B表述错误；商标法第12条：以三维标志申请注册商标的，仅由商品自身的性质产生的形状、为获得技术效果而需有的商品形状或者使商品具有实质性价值的形状，不得注册，C表述错误；相对理由审查主要是审查是否与他人在先商标相同或近似，原则上在实质审查阶段不审查是否与其它在先权利冲突，D错误；商标法第11条：下列标志不得作为商标注册：①仅有本商品的通用名称、图形、型号的；②仅直接表示商品的质量、主要原料、功能、用途、重量、数量及其他特点的；③其他缺乏显著特征的。前款所列标志经过使用取得显著特征，并便于识别的，可以作为商标注册。E表述错误。