客户档案主要包括：①借款企业及担保企业的“三证”复印件。②借款企业及担保企业的信用评级资料。③借款企业及担保企业的开户情况。④借款企业及担保企业的验资报告。⑤借款企业及担保企业近三年的主要财务报表，上市公司、“三资”企业需提供经审计的年报。⑥企业法人、财务负责人的身份证或护照复印件。⑦反映该企业经营、资信（“三资”企业还应提交企业批准证书、公司章程等）及历次贷款情况的其他材料。所以，三资企业比其他企业需要特别上交的客户档案是企业批准证书、公司章程。故D选项正确。