糖原染色应用于鉴别细胞内的空泡状变性，证明石蜡切片HE中所出现的细胞质内空泡是糖原（水溶性）还是脂肪（脂溶性）；用于观察缺血缺氧早期心肌坏死或梗死的糖原减少；糖尿病器官组织细胞内的糖原颗粒沉着；肿瘤组织中的肝细胞癌，横纹肌、平滑肌和软骨肉瘤；汗腺瘤和化学感受器瘤等。动脉粥样硬化粥肿内主要是脂质的沉积。