我国国籍的应税船舶入港，适用优惠税率，A不正确。船舶吨税以净吨位为计税依据。选项B不正确。海关发现少征或者漏征税款的，应当自应税船舶应当缴纳税款之日起1年内，补征税款。但因应税船舶违反规定造成少征或者漏征税款的，海关可以自应当缴纳税款之日起3年内追征税款和滞纳金，选项E正确。