金属离子作为辅助因子的主要作用：作为酶活化中心的组成部分参与催化反应，使底物与酶活性中心的必需基团形成正确的空间排列，有利于酶促反应的发生。作为连接酶与底物的桥梁，形成三元复合物。金属离子还可以中和电荷，减小静电排斥，有利于底物与酶的结合。金属离子与酶结合还可以稳定酶的空间构象。