感染可触发GVHD。由于细菌和疱疹类病毒（尤其是CMV）的抗原和组织相容性抗原可能有交叉性，且在感染的细胞上能够更强地表达这些抗原。疱疹病毒感染，尤其巨细胞病毒（CMV）合并人疱疹病毒6型（HHV-6）感染，能预测骨髓移植后病人中、重度急性移植物抗宿主病（GVHD）的发生。