形成龋洞后的牙本质龋自病损深部向表面可分为五层。
①脂肪变性层：为牙本质龋最内一层，邻近正常牙本质；
②透明层（硬化层）：此层在病损深部脂肪变性层的表面；
③脱矿层：在透明层的表面；
④细菌侵入层：该层在脱矿层表面；
⑤坏死崩解层：这是牙本质龋损的最表层，也是龋洞底部的表层。