(1)大多数患者在根面平整后，组织能顺利愈合，不需药物处理。对一些炎症严重，肉芽增生的深牙周袋，在刮治后可用药处理袋壁。目前采用缓释或可被生物降解材料的载体，使药物能长时间停留于牙周袋内，起到良好的治疗作用。使用的药物有甲硝唑、四环素及二甲胺四环素、洗必泰、氟化亚锡等。(2)牙周基础治疗后，仍有较深的牙周袋，或根面牙石不易彻底清除，炎症不能控制，则可进行牙周手术。