本题考查股东划入资产的所得税处理。
选项D当选，企业接收股东划入资产，凡合同、协议约定作为资本金（包括资本公积）且在会计上已作实际处理的，不计入企业的收入总额。此题中协议未约定将其作为资本金处理，应作为收入处理的，按公允价值计入收入总额。
甲公司收到的是增值税普通发票，会计分录：
借：固定资产9 040 000
贷：营业外收入9 040 000
结合上述分录可知，甲公司确认收入的金额应包含增值税，为904万元。
选项A不当选，未将增值税纳入应税收入中。
选项B不当选，误将该设备的原账面价值作为应税收入。
选项C不当选，误认为该情况属于不计入收入总额的情形。
提示：若甲公司收到母公司开具的增值税专用发票，会计分录为：
借：固定资产8000000
应交税费——应交增值税（进项税额）1040000
贷：营业外收入9040000
因此，无论母公司开具的是增值税专用发票还是增值税普通发票，甲公司确认收入的金额均含增值税。