本题考查特别纳税调整协商的具体规定。
有下列情形之一的，国家税务总局可以暂停相互协商程序：
（1）企业申请暂停相互协商程序。（选项B当选）
（2）税收协定缔约对方税务主管当局请求暂停相互协商程序。（选项D当选）
（3）申请必须以另一被调查企业的调查调整结果为依据，而另一被调查企业尚未结束调查调整程序。（选项E当选）
（4）其他导致相互协商程序暂停的情形。
选项A不当选，属于国家税务总局可以拒绝企业申请或者税收协定缔约对方税务主管当局启动相互协商程序的请求情形。
选项C不当选，属于国家税务总局可以终止相互协商程序的情形。